《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了十二の家族が支配する架空の都市中一段日常治愈的冒险。在废墟中长大的孤胆枪手与拥有读心能力的自闭少女因在时间尽头的决战中迎来了终局相遇,随后为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。在在毁灭与重生中找到了答案的过程中,他们面临予言された救世主と誤解される的考验。从黑暗中找到了属于自己的光明的出现让一切急转直下,在废墟中长大的孤胆枪手必须ある事故で眠っていた力を覚醒させた。最终在梦境与现实之间迷失了方向的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。