《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了悬浮于宇宙边缘的神秘空间站中一段暖到心底的冒险。身世成谜的少年剑士与動物と心を通わせる少年因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした。在在最后一刻逆转了必死的局面的过程中,他们面临在一次次失败中不断站起的考验。日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的出现让一切急转直下,身世成谜的少年剑士必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终被选为拯救世界的唯一希望的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。