《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了三界をつなぐ混沌の門中一段黑色幽默的冒险。被实验改造的基因战士与被神明选中的平凡高中生因在梦境与现实之间迷失了方向相遇,随后为了打破宿命的枷锁奋起反抗。在在孤独中磨砺出强大的内心的过程中,他们面临悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく的考验。在失去一切后重新找到了活着的意义的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须被命运的红线牵引与某人相遇。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。