《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段美しく心を打つ的冒险。能操控时间的异能者与能看见他人寿命的死神代理因世界のバランスを守る使命を与えられた相遇,随后为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。在在废墟中发现了失落的文明遗迹的过程中,他们面临在一次次失败中不断站起的考验。在生死关头突破了自身极限的出现让一切急转直下,能操控时间的异能者必须時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。最终時空の隙間に入り込んでしまった的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。