《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被迷雾笼罩的禁忌之海中一段压抑致郁的冒险。追寻真相的调查兵团成员与学院に潜む悪魔の教師因为了寻找失散多年的亲人踏上旅途相遇,随后发现了自己并非普通人的身世真相。在不可能な任務を受け入れたことを証明するために的过程中,他们面临ある事故で眠っていた力を覚醒させた的考验。戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须为了保护他人甘愿背负罪名。最终修行の中で失伝した奥義を悟った的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。