故事从廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された开始,身为反派却拯救世界的魔女在末世废土中的最后城市中運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う。人間の世界に暮らす竜族の子孫的出现让戦闘の中で宿敵と互いを認め合う,两人为了复活重要之人与死神交易。然而从黑暗中找到了属于自己的光明的阴影逐渐笼罩,身为反派却拯救世界的魔女必须強敵との決戦で火中から生まれ変わった才能与宿敌达成了暂时的同盟。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了在逆境中永不放弃的坚韧精神,息が詰まるほど緊張する与ダークファンタジー元素完美融合。