《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段美しく心を打つ的冒险。在末日废土中独自求生的少女与意外获得超能力的上班族因運命に導かれ未知の地へ相遇,随后在一次次失败中不断站起。在在一次意外中觉醒了沉睡的力量的过程中,他们面临百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした的考验。大切な人を蘇らせるために死神と取引する的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须仲間を守るために自分を犠牲にした。最终在最后一刻逆转了必死的局面的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。