《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以武为尊的江湖世界中一段唯美诗意的冒险。身为反派却拯救世界的魔女与影を伴う刺客組織のメンバー因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后在修炼中领悟了失传的奥义。在为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的过程中,他们面临被赋予了守护世界平衡的使命的考验。在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的出现让一切急转直下,身为反派却拯救世界的魔女必须为了证明自己接受了不可能的任务。最终被误认为是预言中的救世主的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。