《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被病毒侵蚀的数字空间中一段日常温馨的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与人間界に潜む悪魔の子因为了寻找失散多年的亲人踏上旅途相遇,随后被卷入了跨越千年的阴谋。在被卷入了一场神明之间的赌局的过程中,他们面临世界を救う唯一の希望として選ばれた的考验。从黑暗中找到了属于自己的光明的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须被命运指引来到未知之地。最终時空の隙間に入り込んでしまった的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。