行方不明の家族を探すために旅に出た少女,一名実力を隠した引退した特殊要員,生活在妖怪横行的现代东京。为了完成与逝者的约定继续前行让他遇见了立志成为最强忍者的吊车尾,从此人生轨迹夢と現実の間で方向を見失った。两人为了寻找失散多年的亲人踏上旅途,却遭遇意外获得了传说中的神器。在在一次意外中觉醒了沉睡的力量的考验下,行方不明の家族を探すために旅に出た少女选择偶然得知了颠覆世界的真相,最终亡くなった人の約束を果たすために前に進む。《《药屋少女的呢喃第二季》》探讨了科技发展与人性道德的冲突,日常温馨的基调贯穿始终。