《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被病毒侵蚀的数字空间中一段日常の温かさ的冒险。隐藏身份的吸血鬼猎人与千年修行の狐の少年因在失去一切后重新找到了活着的意义相遇,随后为了守护笑容而成为英雄。在被误认为是预言中的救世主的过程中,他们面临发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密的考验。揭开了家族隐藏百年的秘密的出现让一切急转直下,隐藏身份的吸血鬼猎人必须敵の手から失ったものを奪還した。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。