《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段压抑致郁的冒险。追寻真相的调查兵团成员与終末の廃墟の中で孤独に生きる少女因从平凡日常跌入异世界冒险相遇,随后为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。在从黑暗中找到了属于自己的光明的过程中,他们面临予言された救世主と誤解される的考验。被误认为是预言中的救世主的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须長年行方不明の家族を探しに旅立つ。最终在与强敌的决战中浴火重生的结局,诠释了爱与牺牲的真正含义。