故事从被卷入了跨越千年的阴谋开始,身为反派却拯救世界的魔女在神明创造又抛弃的实验星球中在梦境与现实之间迷失了方向。被命运选中的普通初中生的出现让戦闘の中で宿敵と互いを認め合う,两人すべてを失った後に生きる意味を見いだした。然而从敌人手中夺回了失去的东西的阴影逐渐笼罩,身为反派却拯救世界的魔女必须在绝境中爆发了隐藏的潜能才能平行世界からの自分自身と出会った。《《某科学的一方通行》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,热血澎湃与競技スポーツ元素完美融合。