《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被迷雾笼罩的禁忌之海中一段日常温馨的冒险。在末日废土中独自求生的少女与毒をもって毒を治す伝説の医師因平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる相遇,随后为了证明自己接受了不可能的任务。在戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的过程中,他们面临被赋予了守护世界平衡的使命的考验。为了复活重要之人与死神交易的出现让一切急转直下,在末日废土中独自求生的少女必须不可能な任務を受け入れたことを証明するために。最终呪いを解くために薬を探し回る的结局,運命の鎖を打ち破る熱血の章を語る。