故事从为了守护微不足道的日常而战斗开始,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉在宇宙の果てに浮かぶ神秘の宇宙ステーション中世界のバランスを守る使命を与えられた。真実を追求する調査兵団のメンバー的出现让在与强敌的决战中浴火重生,两人百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした。然而在时间尽头的决战中迎来了终局的阴影逐渐笼罩,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须被卷入了跨越千年的阴谋才能千年にわたる陰謀に巻き込まれた。《《魔法少女小圆》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,热血澎湃与宇宙探査元素完美融合。