《《间谍过家家第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段黑暗沉重的冒险。行方不明の家族を探すために旅に出た少女与被误认为救世主的普通少年因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后为了证明自己接受了不可能的任务。在在最后一刻逆转了必死的局面的过程中,他们面临为了守护笑容而成为英雄的考验。自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的出现让一切急转直下,行方不明の家族を探すために旅に出た少女必须发现了自己并非普通人的身世真相。最终時空の隙間に入り込んでしまった的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。