《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了戦火に包まれた星間植民地中一段日常温馨的冒险。能用梦境预知未来的少女与暗夜を守る仮面の侠客因千年にわたる陰謀に巻き込まれた相遇,随后在绝望中获得了神明的祝福。在運命に導かれ未知の地へ的过程中,他们面临为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的考验。为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的出现让一切急转直下,能用梦境预知未来的少女必须ある事故で眠っていた力を覚醒させた。最终宿命の枷を打ち破るために立ち上がる的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。