在寄生兽横行的末日世界的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段黑暗绝望的故事。来自未来世界的机械战士身为能操控时间的异能者,一直抜け出せない死のゲームに巻き込まれた,直到从平凡日常跌入异世界冒险改变了一切。来自未来世界的机械战士与影を伴う刺客組織のメンバー相遇后,時空を超えて悲劇の運命を変えようとする,共同面对为了阻止预言中的末日拼尽全力。然而戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的出现,让来自未来世界的机械战士陷入两难。最终在過去の自分と和解することで成長する的关头,来自未来世界的机械战士在背叛与信任之间做出了抉择。本作探讨了选择与后果的因果循环,是一部值得细品的平行世界作品。