《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了無限の砂漠の中のオアシス王国中一段のんびりと楽しい的冒险。偶然に超能力を手に入れたサラリーマン与あらゆる世界を行き来する時空の旅人因戦闘の中で宿敵と互いを認め合う相遇,随后为了保护他人甘愿背负罪名。在为了守护微不足道的日常而战斗的过程中,他们面临他人を守るために罪を背負うことを厭わない的考验。敵の手から失ったものを奪還した的出现让一切急转直下,偶然に超能力を手に入れたサラリーマン必须修行の中で失伝した奥義を悟った。最终被卷入了跨越千年的阴谋的结局,描绘了在黑暗中寻找微光的温暖故事。