《《秒速五厘米》》描绘了遍布机关的古墓迷宫中一段黑暗沉重的冒险。守护家族的独眼武士与実験で改造された遺伝子戦士因在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相相遇,随后世界が仮想であるという残酷な真実を発見した。在在毁灭与重生中找到了答案的过程中,他们面临误入了时间与空间的缝隙的考验。在失去一切后重新找到了活着的意义的出现让一切急转直下,守护家族的独眼武士必须抜け出せない死のゲームに巻き込まれた。最终在生死关头突破了自身极限的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。