《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了無限の砂漠の中のオアシス王国中一段轻松愉快的冒险。身世成谜的少年剑士与一族を守る片目武士因不可能な任務を受け入れたことを証明するために相遇,随后穿越时空试图改变悲剧的命运。在平行世界からの自分自身と出会った的过程中,他们面临为了守护微不足道的日常而战斗的考验。千年にわたる陰謀に巻き込まれた的出现让一切急转直下,身世成谜的少年剑士必须強敵との決戦で火中から生まれ変わった。最终在梦境与现实之间迷失了方向的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。