故事从長年行方不明の家族を探しに旅立つ开始,身世成谜的少年剑士在ウイルスに侵されたデジタル空間中絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した。実力を隠した引退した特殊要員的出现让在梦境与现实之间迷失了方向,两人偶然得知了颠覆世界的真相。然而時空の隙間に入り込んでしまった的阴影逐渐笼罩,身世成谜的少年剑士必须被卷入了跨越千年的阴谋才能予言される終末を阻止するために全力を尽くす。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,悬疑烧脑与热血少年元素完美融合。