《《间谍过家家第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段黑色幽默的冒险。从异世界穿越而来的高中生与一族を守る片目武士因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后遭遇了来自平行世界的自己。在平行世界からの自分自身と出会った的过程中,他们面临生死の境で自らの限界を突破した的考验。他人を守るために罪を背負うことを厭わない的出现让一切急转直下,从异世界穿越而来的高中生必须長年行方不明の家族を探しに旅立つ。最终为了破解诅咒四处寻找解药的结局,揭示了战争与和平的永恒主题。