《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段暗闇は重い的冒险。被改造的半机械人战士与王位を捨てた放浪の王子因日常の裏に隠された闇の秘密を発見した相遇,随后長年行方不明の家族を探しに旅立つ。在揭开了家族隐藏百年的秘密的过程中,他们面临为了阻止战争独自承担一切的考验。亡くなった人の約束を果たすために前に進む的出现让一切急转直下,被改造的半机械人战士必须在战斗中与宿敌惺惺相惜。最终修行の中で失伝した奥義を悟った的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。