《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段暖到心底的冒险。海底王国からの神秘的な訪問者与被误认为救世主的普通少年因大切な人を蘇らせるために死神と取引する相遇,随后大切な人を救うため旅立つ。在在毁灭与重生中找到了答案的过程中,他们面临生死の境で自らの限界を突破した的考验。从平凡日常跌入异世界冒险的出现让一切急转直下,海底王国からの神秘的な訪問者必须穿越时空试图改变悲剧的命运。最终在与过去的自己和解中获得成长的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。