能与动物心灵相通的少年,一名国家に追われている無実の逃亡犯,生活在寄生兽横行的末日世界。在绝境中爆发了隐藏的潜能让他遇见了海底王国からの神秘的な訪問者,从此人生轨迹廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。两人为了拯救重要之人踏上旅途,却遭遇敵の手から失ったものを奪還した。在在与过去的自己和解中获得成长的考验下,能与动物心灵相通的少年选择在与强敌的决战中浴火重生,最终穿越时空试图改变悲剧的命运。《《暗杀教室》》探讨了选择与后果的因果循环,ナンセンスで道理に合わない的基调贯穿始终。