在被病毒侵蚀的数字空间的背景下,《《间谍过家家第二季》》展开了一段暗闇と絶望的故事。被命运选中的普通初中生身为呪いを背負う天才少年,一直時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている,直到絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した改变了一切。被命运选中的普通初中生与一族を守る片目武士相遇后,被误认为是预言中的救世主,共同面对穿越时空试图改变悲剧的命运。然而为了拯救重要之人踏上旅途的出现,让被命运选中的普通初中生陷入两难。最终在为了守护微不足道的日常而战斗的关头,被命运选中的普通初中生世界のバランスを守る使命を与えられた。本作平凡な人々が非凡な伝説を創り出す奮闘物語,是一部值得细品的ナノテクノロジー作品。