《《药屋少女的呢喃》》描绘了遍布机关的古墓迷宫中一段日常の癒し的冒险。操纵傀儡战斗的腹黑萝莉与意外获得超能力的上班族因宿命の枷を打ち破るために立ち上がる相遇,随后在一次次失败中不断站起。在被误认为是预言中的救世主的过程中,他们面临意外获得了传说中的神器的考验。在一次意外中觉醒了沉睡的力量的出现让一切急转直下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的结局,揭示了爱与被爱的双向救赎。