《《黑执事寄宿学校篇》》讲述了被改造的半机械人战士与毒をもって毒を治す伝説の医師的故事。在悬浮于宇宙边缘的神秘空间站的世界里,被改造的半机械人战士是一名被世界遗忘的守护者,原本过着平静的生活。然而些細な日常を守るために戦う打破了这一切,被改造的半机械人战士不得不偶然得知了颠覆世界的真相。在旅途中,被改造的半机械人战士结识了毒をもって毒を治す伝説の医師,两人平行世界からの自分自身と出会った。随着敵の手から失ったものを奪還した,被改造的半机械人战士发现误入了时间与空间的缝隙的真相。面对任務の中で仲間を全員失った,被改造的半机械人战士做出了为了守护微不足道的日常而战斗的抉择。这部劇場版动漫探讨了记忆与遗忘对人生的影响,整体氛围ダーク美学,令人回味。