《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法与科技并存的大陆中一段压抑致郁的冒险。身世成谜的少年剑士与千年修行の狐の少年因为了破解诅咒四处寻找解药相遇,随后为了守护家园挺身而出。在被卷入了一场神明之间的赌局的过程中,他们面临在一次次失败中不断站起的考验。在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的出现让一切急转直下,身世成谜的少年剑士必须世界を救う唯一の希望として選ばれた。最终在废墟中发现了失落的文明遗迹的结局,揭示了爱与被爱的双向救赎。