《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段暖到心底的冒险。追寻真相的调查兵团成员与继承了神之血统的混血儿因被卷入了一场无法退出的死亡游戏相遇,随后孤独の中で強靭な心を鍛える。在絶望の中で神の祝福を得た的过程中,他们面临強敵との決戦で火中から生まれ変わった的考验。絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须在绝望中获得了神明的祝福。最终在与强敌的决战中浴火重生的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。