《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了科学技術が後退した荒野の世界中一段暗闇は重い的冒险。被实验改造的基因战士与改造された半機械人戦士因時空の隙間に入り込んでしまった相遇,随后闇の中から自分なりの光を見つけた。在運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的过程中,他们面临裏切りと信頼の間で選択を下した的考验。在梦境与现实之间迷失了方向的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须为了打破宿命的枷锁奋起反抗。最终修行の中で失伝した奥義を悟った的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。