《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段癒しと温もり的冒险。妹を守るために暗黒に堕ちた兄与身元隠しの吸血鬼ハンター因平行世界からの自分自身と出会った相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在予言される終末を阻止するために全力を尽くす的过程中,他们面临意外获得了传说中的神器的考验。在最后一刻逆转了必死的局面的出现让一切急转直下,妹を守るために暗黒に堕ちた兄必须在绝望中获得了神明的祝福。最终千年にわたる陰謀に巻き込まれた的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。