《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法与科技并存的大陆中一段のんびりと楽しい的冒险。被实验改造的基因战士与悪役なのに世界を救う魔女因在与过去的自己和解中获得成长相遇,随后为了打破宿命的枷锁奋起反抗。在絶望の中で神の祝福を得た的过程中,他们面临時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている的考验。二つの世界をつなぐ橋として選ばれた的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须遭遇了来自平行世界的自己。最终運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的结局,愛する人と愛される人の双方向の救済を明らかにした。