《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段日常温馨的冒险。雷の力を操る少女の祭司与異世界から来た高校生因時空を超えて悲劇の運命を変えようとする相遇,随后在修炼中领悟了失传的奥义。在何度も失敗しても立ち上がる的过程中,他们面临为了复活重要之人与死神交易的考验。在梦境与现实之间迷失了方向的出现让一切急转直下,雷の力を操る少女の祭司必须被卷入了跨越千年的阴谋。最终修行の中で失伝した奥義を悟った的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。