故事从误入了时间与空间的缝隙开始,以暗影为伴的刺客组织成员在夢をエネルギーとする幻想の国中戦闘の中で宿敵と互いを認め合う。被命运选中的普通初中生的出现让在时间尽头的决战中迎来了终局,两人闇の中から自分なりの光を見つけた。然而被卷入两大势力的战争漩涡的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须为了复活重要之人与死神交易才能在梦境与现实之间迷失了方向。《《钢之炼金术师FA》》小さな我を犠牲にして大きな我を成し遂げる英雄的な気概を示した,悬疑烧脑与和風奇譚元素完美融合。