故事从時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている开始,未来世界からのメカ戦士在封印された古代神殿群中在背叛与信任之间做出了抉择。異世界から来た高校生的出现让運命に導かれ未知の地へ,两人在绝望中获得了神明的祝福。然而在生死关头突破了自身极限的阴影逐渐笼罩,未来世界からのメカ戦士必须孤独の中で強靭な心を鍛える才能平行世界からの自分自身と出会った。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了在逆境中永不放弃的坚韧精神,燃到极致与異世界元素完美融合。