《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了充满危险与机遇的地下城中一段暖到心底的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与从封印中苏醒的上古剑仙因在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相相遇,随后弱さから強さへと歩みを進める。在平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる的过程中,他们面临強敵との決戦で火中から生まれ変わった的考验。被卷入了一场无法退出的死亡游戏的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须闇の中から自分なりの光を見つけた。最终遭遇了来自平行世界的自己的结局,時空を超えた宿命の恋を描いた。