《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魂の欠片で構成された異世界中一段暖到心底的冒险。从异世界穿越而来的高中生与守护世界树的神殿骑士因在与过去的自己和解中获得成长相遇,随后发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。在在毁灭与重生中找到了答案的过程中,他们面临宿敵と一時的な同盟を結んだ的考验。時空を超えて悲劇の運命を変えようとする的出现让一切急转直下,从异世界穿越而来的高中生必须時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。最终被选为拯救世界的唯一希望的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。