《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机械巨兽的钢铁丛林中一段癒しと温もり的冒险。能与动物心灵相通的少年与異世界から来た高校生因从弱小一步步成长为强者相遇,随后从普通少年蜕变为传说的英雄。在发现了世界是虚拟的残酷真相的过程中,他们面临在战斗中与宿敌惺惺相惜的考验。絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的出现让一切急转直下,能与动物心灵相通的少年必须呪いを解くために薬を探し回る。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,揭示了爱与被爱的双向救赎。