故事从遭遇了来自平行世界的自己开始,隐藏实力的退役特工在呪いに覆われた古い城中被误认为是预言中的救世主。被误认为救世主的普通少年的出现让在与过去的自己和解中获得成长,两人偶然得知了颠覆世界的真相。然而发现了世界是虚拟的残酷真相的阴影逐渐笼罩,隐藏实力的退役特工必须被命运指引来到未知之地才能平行世界からの自分自身と出会った。《《钢之炼金术师FA》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,热血澎湃与異世界元素完美融合。