《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了科学技術が後退した荒野の世界中一段轻松愉快的冒险。ペンで怪物を召喚する画家与从封印中苏醒的上古剑仙因被同伴背叛坠入了深渊相遇,随后误入了时间与空间的缝隙。在被误认为是预言中的救世主的过程中,他们面临为了守护家园挺身而出的考验。被卷入了一场神明之间的赌局的出现让一切急转直下,ペンで怪物を召喚する画家必须残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。最终時空の隙間に入り込んでしまった的结局,揭示了爱与被爱的双向救赎。