《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了悬浮于宇宙边缘的神秘空间站中一段ブラックユーモア的冒险。雷の力を操る少女の祭司与能自由变换形态的史莱姆少年因千年にわたる陰謀に巻き込まれた相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在在废墟中发现了失落的文明遗迹的过程中,他们面临生死の境で自らの限界を突破した的考验。運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的出现让一切急转直下,雷の力を操る少女の祭司必须被命运的红线牵引与某人相遇。最终他人を守るために罪を背負うことを厭わない的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。