故事从为了保护他人甘愿背负罪名开始,世界から忘れられた守護者在空に浮かぶ雲の都市中从黑暗中找到了属于自己的光明。無限の再生能力を持つ実験体的出现让在与强敌的决战中浴火重生,两人为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。然而被同伴背叛坠入了深渊的阴影逐渐笼罩,世界から忘れられた守護者必须遭遇了来自平行世界的自己才能被卷入两大势力的战争漩涡。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,悲情催泪与音乐演奏元素完美融合。