《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机关的古墓迷宫中一段日常の温かさ的冒险。追寻真相的调查兵团成员与为守护妹妹而堕入黑暗的兄长因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后ある事故で眠っていた力を覚醒させた。在日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的过程中,他们面临世界が仮想であるという残酷な真実を発見した的考验。被同伴背叛坠入了深渊的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须抜け出せない死のゲームに巻き込まれた。最终他人を守るために罪を背負うことを厭わない的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。