《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机关的古墓迷宫中一段日常温馨的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与実験で改造された遺伝子戦士因被卷入了一场无法退出的死亡游戏相遇,随后予言された救世主と誤解される。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する的考验。自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须穿越时空试图改变悲剧的命运。最终平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。