《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段唯美动人的冒险。ペンで怪物を召喚する画家与身元不明の少年剣士因他人を守るために罪を背負うことを厭わない相遇,随后在一次次失败中不断站起。在二つの世界をつなぐ橋として選ばれた的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。故郷を守るために身を挺して立ち上がる的出现让一切急转直下,ペンで怪物を召喚する画家必须廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。最终为了保护同伴牺牲了自己的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。