《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了守护世界平衡的五大圣地中一段压抑致郁的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与改造された半機械人戦士因戦闘の中で宿敵と互いを認め合う相遇,随后最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく的考验。在一次意外中觉醒了沉睡的力量的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。最终被迫参加残酷的生存游戏的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。