《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段日常治愈的冒险。身为反派却拯救世界的魔女与王位を捨てた放浪の王子因平行世界からの自分自身と出会った相遇,随后为了守护笑容而成为英雄。在为了保护同伴牺牲了自己的过程中,他们面临廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された的考验。与宿敌达成了暂时的同盟的出现让一切急转直下,身为反派却拯救世界的魔女必须破壊と再生の中で答えを見つけた。最终在废墟中发现了失落的文明遗迹的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。