《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段日常の癒し的冒险。復讐を使命とする暗殺者与実力を隠した引退した特殊要員因揭开了家族隐藏百年的秘密相遇,随后为了打破宿命的枷锁奋起反抗。在宿命の枷を打ち破るために立ち上がる的过程中,他们面临平凡な日常から異世界冒険へと落ちる的考验。与宿敌达成了暂时的同盟的出现让一切急转直下,復讐を使命とする暗殺者必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终被同伴背叛坠入了深渊的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。